Fijate que propiedades le pasas a la función window.open para abrir la ventana, ya la abre modificada, eso es lo que se hace generalmente.
En cambio de esta forma que dices tu la abres normal y luego la modificas...mmm...No se suele hacer así...
Código:
function popup (URL,WIDTH,HEIGHT) {
window.open(URL,'ventana1','toolbar=no,menubar=no,width=' + WIDTH + ',height=' + HEIGHT);
}
Acá tienes un ejemplo de función a la cual le pasas los parametos de URL ancho y alto...
Saludos