Hola,
Hay multitud de herramientas que te permiten trabajar con MSDE y administrarlo.
Para lanzar sentencias SQL a mi me gusta mucho WinSQL. Lo puedes encontrar en
http://www.synametrics.com/winsql
Para la administración tienes varios. Yo recomiendo DbaMGR2K. Lo puedes ver en
http://www.asql.biz/DbaMgr.shtm
Saludos.