Hola Punchi:
Desde un popup puedes enlazar con la página principal si tiene un nombre, asignándoselo al target del link:
'<a href="principal.php?rutP=".$registro[2]."&rutfP=".$registro[3]" onClick="window.close()" target="principal"><IMG SRC=flecha.jpg border=0 width=32 height=22></a>'
Donde puse target="principal" debes poner en vez de principal, el nombre de la página... Y si no tiene nombre, puedes asignárselo:
En la misma página: window.name = "principal";
O desde el popup: opener.name = "principal";
Aunque me parece que la primera es más aconsejable, para evitar errores de "permisos denegados".
Saludos
