porque no probas poniendo en el popup algo asi:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="javascript">
<!--
function dirigir(donde){
opener.location = donde;
window.close();
}
-->
</script>
</head>
<body>
<?
echo "<a href=\"javascript: dirigir('principal.php?rutP=".$registro[2]."&rutfP=".$registro[3]."')\">XXXXX</a>";
?>
</body>
</html>