No entiendo muy bien a que te refieres con esto, estás desarrollando algun sistema que permite ver el contenido de las carpetas?
Si es así, me parece que lo "único" que tienes que hacer es un sistema de validación de usuarios
a dónde a cada usuario le asignes ciertos archivos o carpetas y a partir de esto, mediante el FSO, previa consulta a la base de datos, mostrar aquellos archivos o carpetas que existan y a los que el usuario "X" tenga permiso.
Mis $0.02, pues el tema puede ser mucho mas complicado que eso...explícanos un poco mas por favor