Como escribir (modificar) en un archivo

[tibu]

La opción que ha dicho el otro compañero desde mi punto de vista es la acertada...

Pero creo que si puedes cambiaria el fichero de configuración por esta otra alternativa

Yo si puedes plantearia el fichero de configuracion en XML, ya que estas operaciones las puedes realizar con cualquier parser como el JDOM.

(Despues de desarrollar herramientas para administradores durante un añito son cosas
que uno empieza a preciar)

Razones de usar un formato como XML.
- Puedes validar la estructura del fichero, con el parser. Cosa que de la otra manera te lo tienes que montar tu y en caso te tienes que montar hasta un automata de estados para la validación.
- El parser te permite buscar en el fichero cualquier elemento y cambiar sus datos de una manera mucho mas facil.