Puedes crearte una carpeta al mismo nivel que tienes la de "wwwroot", pues esta es la única carpeta accesible por los usuarios. Las que están al mismo nivel que esa, por ejemplo "bases_de_datos" o "download", no son accesibles vía web por parte de tus visitantes. Yo uso este sistema, y por mucho que la gente ponga:
http://www.loquesea.com/download/fic..._descargar.zip, les dará error, pues
www.loquesea.com cuelga de wwwroot, y la carpeta download está fuera de esa carpeta (al mismo nivel, pero fuera).