como dice augusto, con confirm() se puede hacer lo que queres:
Cita: if(confirm('esta 100% total y completamente sgeguro de lo que esta haciendo?')) {
//aquí el código que quieras ejecutar si pone que SI
}else{
//aquí el código que quieras ejecutar si pone que NO
}
Si queres que cuando apreten NO no pase nada le sacas el else{}...