Con javascript no vas a poder hacer lo de la consulta. Lo que si vas a poder hacer que si la respuesta a la pregunta es SI vaya a una pagina .php donde ejecutas tu consulta SQL.
Para ello tendrias que poner algo asi:
Código PHP:
<a href="#" onClick="if(confirm('esta seguro que desea eliminarlo')) {window.location = 'lapaginaconelSQL.php'}"><img src="sanjo.gif"></a>