Se me ocurren un par de opciones:
1ª- ¿Que service pack tienes instalado de w2000? Recuerda que si no tienes ninguno instalado tendrias que descargarte el SP2 y el Windows 2000 Security Rollup Package (SRP), este ultimo es un conjunto de parches que no llegan a ser service pack pero que hay que tener instalados. Para descargarlo vete a:
<a href='ir.asp?http://www.microsoft.com/windows2000/downloads/servicepacks' target='_blank'>http://www.microsoft.com/windows2000/dow...</a>
2º-Una vez actualizado consultaría el visor de sucesos para ver si hay algún mensaje de error. Y luego miraría los driver de la tarjeta de video.
3º.-Intentaria reparar la instalacion de w2000. Ya sabes que cuando inicias una nueva instalacion en limpio de w2000 te ofrece dos opciones. O instalar desde cero o intentar reparar la instalacion ya existente. Esta ultima seria la que habria que probar.
4º.-Llamar al padre Karras porque tu caso sí que es un fenómeno muy anómalo que yo nunca habia oido. ;)
Venga haber si hay suerte.