El formato de tus particiones (unidades) es el mismo en 32 que en 64 bits (NTFS/FAT32). El AMD64 es completamente compatible con software de 32 bits, asi que el windows que tienes debe de funcionar sin problemas.
Pero al ser otra motherboard nueva, windows requerirá drivers diferentes para ella. Aqui es donde corres cierto riesgo. Si tienes el disco particionado en dos (Windows y Datos) te recomiendo que formatees la de windows y dejes la de datos viva, asi al reinstalar windows tendrás todos tus datos intactos. La otra opcion es intentar lo que te dice enrique, arranca con el windows actual y espera que el instalador de windows pueda reconfigurar tu windows actual.
Avísanos que tal te va
