Hola de nuevo,
sobre el phpMyAdmin yo lo uso básicamente para ver el contenido de las tablas, para ver si los datos que me da el scrpt son los correctos, aunque para crear tablas también viene muy bien.
Yo creo las tablas en código y luego las inserto mediante el phpMyAdmin por la funcion SQL que ejecuta consultas sql.
Sobre el codigo PHP, se puede crear un único archivo con las diferentes funciones que se vaya a crear o bien crear archivos separados para cada una de las funciones de nuestra aplicación.
Yo he usado las dos y si me importa mucho el diseño lo hago por separado y con dreamwaver reviso el diseño de cada archivo.
Te pongo un enlace
http://webmaster.lycos.es/topics/tec...hp/index.phtml Fundamentos de PHP y MySQL Creación de una tabla MySQL
Primeros pasos con PHP
Funciones y bibliotecas
Cómo encontrar y visualizar un registro en una base de datos MySQL
Creación de un resumen dinámico
Yo aprendí en parte con este manual y para empezar está muy bien.
Eso si antes de empezar con nada te tienes que instalar apache, mysql y demás. En este aspecto yo no tengo ninguna duda
APPSERV, una suite que te instala todo lo que necesitas.
http://www.appservnetwork.com
Comentarte que en las ultimas versiones te oblida a poner contraseña para acceder a phpMyAdmin y el usuario que no lo dice es root.
Con esto ya tiene para empezar y las dudas que tengas pues ya sabes donde estamos.
Saludos
Julio
HOla! 
